Como ciudad fronteriza, se vio envuelta en numerosos avatares militares, incluida su ataque y destrucción por parte de Fernando III el Santo en 1225.

 

Antesala de la capital del Reino nazarí de Granada, el mismísimo Boabdil entregó la ciudad al rey Fernando de Aragón en 1486, tras un penoso asedio de varios días. Para esas fechas la urbe ya poseía sus rasgos constructivos, e incluso había visto nacer a personajes tan ilustres en la Corte Granadina como el poeta Ibn al-Jatib. Con la conquista por parte de los castellanos de la plaza de Alhama en 1482, se procedió a ocupar Loja, si bien solo después de dos intentonas fallidos, en 1482 y 1485, se pudo tomar la ciudad el 29 de mayo de 1486. Los musulmanes salieron de la ciudad libres y escoltados hacia Granada, dándose a partir de ese momento el asentamiento de nuevos pobladores cristianos, ordenando los Reyes Católicos el repartimiento de casas, bienes y heredades entre los quinientos nuevos vecinos con que mandaban poblar la ciudad (según el Fuero de Córdoba). La ciudad sería administrativamente incorporada al Corregimiento de Alcalá la Real (hasta 1772), al que también se adscribió Alhama.

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A partir de este momento, Medina Lawsa fue perdiendo características propias de la ciudad hispanomusulmana y transformándose en un núcleo adaptado al concepto de ciudad castellano-cristiana. La estructura básica de la ciudad nazarí (Alcazaba, Jaufín y Arrabal) se mantuvo, pero se redefinieron aquellos espacios organizándose en torno a parroquias, a la vez que nuevos hitos arquitectónicos, espaciales y simbólicos se desplegaban. Las mezquitas se consagraron como iglesias, de tal forma que las tres principales iglesias de la localidad se encuentran sobre los solares de antiguas mezquitas. La geografía religiosa de la ciudad se completó con la fundación de varios conventos y ermitas. La ampliación de la ciudad fuera de las murallas tuvo lugar a lo largo del siglo xvi, dado el incremento de la vecindad.